Concluida la Fase Regional de la Copa Simón Bolívar 2024 con Santa Cruz como el último departamento en definir a sus representantes, la Federación Boliviana de Fútbol (FBF) reunió a los 24 delegados de los clubes clasificados en Tarija para llevar a cabo el sorteo de la Fase Nacional. De esa forma, la Dirección de Competiciones a través de su metodología separando a los primeros, segundos y terceros definió los 6 grupos de la Fase Naciona.
Santa Cruz, La Paz, Cochabamba, Sucre, Potosí y Tarija cuentan con 3 equipos en la continuidad de la Simón Bolívar, mientras que Oruro, Beni y Pando solamente tienen 2 representantes. Pese a la pequeña posibilidad 2 elencos del mismo departamento, no se produjo esa situación una vez realizado el sorteo.
La Fase Nacional se jugará bajo formato todos contra todos en partido de ida y vuelta. En consecuencia, los 24 equipos jugarán 6 partidos en busca de quedar entre los 16 mejores del torneo. Clasifican los 2 primeros de cada grupo y 4 mejores terceros. De esa manera, se pasará a hacer un nuevo sorteo que definirá el cuadro final desde Octavos de Final de la Copa Simón Bolívar 2024.
Los 6 grupos de Fase Nacional de la Copa Simón Bolívar 2024
| GRUPO A | GRUPO B |
| Olimpia del Chaco Petrolero (Tarija) | Universitario SFXCH (Sucre) |
| Stormer’s (Sucre) | Ciclón (Tarija) |
| Millonarios FC (Cochabamba) | El Tejar (La Paz) |
| Nueva Santa Cruz (Santa Cruz) | Amanecer (Cochabamba) |
| GRUPO C | GRUPO D |
| Tiquipaya FC (Cochabamba) | Real Potosí (Potosí) |
| Moto Club (Pando) | Fatic (La Paz) |
| Alemán (Sucre) | Universitario Tarija (Tarija) |
| Alianza Beni (Beni) | Nueva Santa Cruz Academia (Santa Cruz) |
| GRUPO E | GRUPO F |
| Totora Real Oruro (Oruro) | Vaca Díez (Pando) |
| Río San Juan Humi (Potosí) | 3 de Febrero (Beni) |
| Destroyer’s (Santa Cruz) | 10 de Noviembre (Potosí) |
| Oruro Royal (Oruro) | ABB (La Paz) |
