GV San José se quedó sin director técnico tras el empate de local ante Wilstermann, Villegas tomó la decisión de dejar el banquillo después de recibir un mensaje del presidente del club. De igual manera, el estratega boliviano se refirió al presupuesto que tuvo para armar el equipo y que trabajaba sin contrato.
“No voy a hablar de fútbol. He recibido un mensaje del presidente desacertado y estoy presentando mi renuncia (…) No tengo contrato y estoy dejando el club”, dijo Eduardo Villegas en la conferencia de prensa posterior al partido contra Wilstermann. El supuesto menaje que recibió del presidente fue “el equipo es una vergüenza”, esa frase enojó mucho a Villegas y tomó esa decisión.
Sobre el presupuesto que tuvo para armar al equipo de este año, dijo mencionó que “Hemos traído lo que yo pensaba del presupuesto del presidente, bajo, muy bajo”.
Así terminó la relación entre el debutante en el profesionalismo y el técnico más exitoso del país. Villegas comandó a GV San José en el ascenso a la División Profesional.