Beñat San José fue anunciado como el nuevo estratega de Bolívar con el objetivo puesto en la temporada 2023 donde tendrán la Copa Libertadores como un gran reto. Ya obtuvo un bicampeonato el 2017 pero no pudieron continuar juntos en el premio internacional del 2018 porque el futuro del entrenador fue la Universidad Católica de Chile.
Los triunfos profesionales del estratega reflejan una Copa Saudita con Al-Ittihad de Arabia Saudita el 2013, un bicampeonato con Bolívar el 2017 y una consagración nacional con la Universidad Católica de Chile el 2018 donde tuvo como asistente técnico a Walter Flores. Posteriormente a su paso por Bolivia y Chile también probó suerte en Emiratos Árabes Unidos con Al-Nasr SC y en México con Mazatlán.
Con la Academia pudo participar de la Copa Sudamericana el 2016 y 2017 obteniendo 3 victorias, 4 derrotas, 1 empate, 7 goles a favor y 7 en contra. Este 2022 tendrá su primer registro en la Copa Libertadores.