Como todos los 19 de marzo, el club San José recuerda 73 años de su fundación. Es el principal representante orureño en el fútbol profesional boliviano.
Fue el 19 de marzo de 1942 cuando trabajadores de la mina San José decidieron formar una institución deportiva.
El impulsor de aquella idea fue Harry Keegan, quien vio el entusiasmo que despertaba la práctica deportiva en aquella región. El primer presidente del club fue Salustiano Roca.
San José participó durante algún tiempo en los torneos que organizó la Asociación de Fútbol de Oruro, pero a mediados de la década de los 50 se inscribió en el torneo de la Asociación de Fútbol de La Paz y logró el título en 1955 con el famoso equipo denominado Los Húngaros.
El club también fue fundador de la Liga en 1977, a la que estuvo afiliado hasta 1999 cuando descendió de categoría y la recuperó en 2002 tras ganar la Copa Nacional Simón Bolívar.
Fue campeón de la Liga en 1995 y 2007, en la primera ocasión definió el título frente a Guabirá, y en la segunda oportunidad venció a La Paz Fútbol Club.
Participó en las ediciones de la Copa Libertadores de América correspondientes a 1992, 1993, 1996 (su mejor intervención porque avanzó hasta los octavos de final), 2008 y en la actual edición en la que integra el grupo 6 junto a River Plate, Tigres, de México, y Juan Aurich.
Jugó la Copa Sudamericana de 2010, en la que avanzó hasta los octavos de final, Newell’s Old Boys, de Argentina, lo eliminó.